Desmond Miles é um bartender que em setembro de 2012 é sequestrado pela misteriosa companhia Abstergo e passa a ser rato laboratório do pavoroso Warren Vidic e de sua assistente Lucy Stillman. Quando não está dormindo de calça jeans e sapato, Desmond é testado no Animus, uma máquina que pode analisar através do seu DNA memórias de seus antepassados.
Acontece que Desmond é descendente de uma longa linhagem de Assassinos e a Abstergo é a fachada moderna pra Ordem dos Templários. As duas facções estão em guerra fria há séculos e, enquanto os encapuzados lutam pelo livre arbítrio, os Templários querem acabar com o caos do mundo impondo um governo autoritário. A Abstergo precisa das memórias de Desmond pra levá-los diretamente a seu ancestral Altaïr Ibn-La'Ahad.
Uma viagem à Idade Média
No século 12, Altair falha em uma missão importante e é obrigado a baixar a bola e cumprir a tarefa dada por seu líder Al Mualim: matar nove pessoas espalhadas pela Terra Santa que estão que estão ligadas aos Templários.
A casa cai quando Altair descobre no fim da missão que há um décimo indivíduo entre esses caras corruptos: ninguém menos que seu próprio mentor. Nesse meio tempo, o velhote escravizou outros assassinos com o poder de um artefato mágico chamado de “a Maçã do Eden”, e é o paradeiro deste objeto que a Abstego quer saber ao verificar as memórias de Desmond.
Altair volta e mata Al Mualim. Ao tomar a Maçã, ele descobre que há dezenas de outras dessas peças sobrenaturais conhecidas como “Pedaços do Éden”. Em 2012, a Abstergo já conseguiu as informações que precisava e quer dar um fim em Desmond.
Pra sorte dele, Lucy é uma assassina disfarçada. Ela diz que é possível que ele adquira as mesmas habilidades especiais de seus antepassados. Desmond descobre que pode usar a Visão de Águia, uma habilidade dos Assassinos, e encontra seguida um recadinho secreto nada animador do último sujeito que foi cobaia da Abstergo: o mundo acabará em dezembro de 2012.